Sintong Panjaitan diminta untuk menjadi penasihatnya.
Sintong Panjaitan menjadi orang kepercayaan Habibie semenjak dia menjabat sebagai Menteri Riset dan Teknologi (Menristek) di Era Presiden Soeharto.
Menristek Bacharuddin Jusuf Habibie menunjuk Sintong Panjaitan sebagai penasihat bidang militer di kantor Badan Pengkajian dan Penerapan Teknologi (BPPT) pada tahun 1994.
Sejak saat itu Sintong Panjaitan menjadi penasihat kepercayaan Habibie hingga Habibie menjadi Presiden Indonesia pada tahun 1998 di mana Sintong Panjaitan duduk sebagai Penasihat Presiden di bidang Militer.
Bahkan saat Sintong Panjaitan dipojokkan dan dikritik habis-habisan karena buku yang ditulis Sintong Panjaitan, Perjalanan Seorang Prajurit Para Komando, Habibie satu di antara tokoh yang membela Sintong Panjaitan.
Habibie mengatakan, Sintong Panjaitan merupakan orang baik dan tidak pernah berbohong.
Di dalam buku tersebut, Sintong Panjaitan sempat menyinggung nama dua orang jenderal.
Secara umum, buku tersebut menceritakan kiprahnya selama berkarier di dunia militer, termasuk saat peralihan pemerintahan Presiden Soeharto ke BJ Habibie.
Sintong juga berperan aktif dalam upaya mengembalikan ABRI ke fungsi militer.
Tiga orang sosok jenderal yang kini masih begitu berpengaruh di Indonesia hasil 'didikan' Sintong Panjaitan juga selalu akan dikenang sejarah.
Bahkan satu di antaranya begitu fenomenal dan baru saja tampil dalam Pemilu Presiden 2019 lalu.
Di Korps Baret Merah, Sintong Panjaitan banyak mendidik angkatan muda, seperti AM Hendropriyono, Agum Gumelar, dan Prabowo Subianto.
Prabowo Subianto adalah satu di antara murid didikan Sintong Panjaitan yang terkenal begitu fenomenal.
Mulai dari beberapa tahun silam, Prabowo kerap dibicarakan karena pencalonan dirinya sebagai Presiden di beberapa kali Pemilu Indonesia.
Sintong Panjaitan merupakan satu di antara perwira andal yang dimiliki Kopassus.