Mereka membawa hulu ledak menuju The Pit, G.I. Pusat Komando Joe dan usai tiba bertemu ketua G.I. Tim Joe, Jenderal Hawk.
McCullen terungap memanfaatkan nanoteknologi yang sama membangun pasukan tentara dengan bantuan Dokter.
Mereka berencana memanfaatkan hulu ledak guna mengakibatkan kepanikan di seluruh dunia.
Memanfaatkan alat pelacak, McCullen menepatkan G.I. Joe pangkalan mengirim Baroness dan Storm Shadow.
Mereka dikirim untuk mengambil hulu ledak dengan bantuan Zartan.
Storm Shadow dan Baroness mengambil hulu ledak membawa merka menuju Baron DeCobray suami Baroness.
DeCobray kemudian dibunuh oleh Storm Shadow.
Menuju ke Paris, Joes mengejar Storm Shadow dan Baroness, namun tidak berhasil menghentikan mereka dari serangan rudal.
Rudal yang mengenai menara Eiffel menghancurkan menara dan beberapa daerah sekitar sebelum Duke berhasil menekan the kill.
Ia ditangkap dan dibawa menuju pangkalan McCullen dibawah kutub Utara.
Jose mendapati pangkalan rahasia dan terbang menuju sana, saat McCullen memuat 3 hulu ledak yang tersisa yang ditujukan Moskow, Beijing dan Washington, DC.
Lalu bagamana mereka dapat menghentikan hulu ledak di tiga kota besar tersebut?
Daftar pemeran film GI Joe The Rise of Cobra:
Channing Tatum sebagai Conrad S. Hauser/Duke
Marlon Wayans sebagai Wallace A. Weems/Ripcord