Roro Sawedi kemudian setuju meninggalkan raganya dan tinggal rohnya saja sesuai syarat dari dewa.
Dia kemudian diminta tinggal di keraton selatan yang isinya bukanlah manusia.
Saat itu dewa juga memiliki perjanjian dengan Roro Sawedi agar membantu para manusia yang meminta pertolongan.
Dari sanalah Roro Sawedi berganti nama jadi Nyi Roro Kidul atau Kanjeng Ratu Kidul.
Lalu mengapa LIPI sampai menelusuri jejak bencana akibat percintaan Nyi Roro Kidul dan Hadiwijaya?
Nah, sebelum Kesultanan Mataram didirikan, Panembahan Senopati sebenarnya sama sekali tidak memiliki kekuatan politik.
Dia bukanlah darah biru lantaran merupakan anak angkat dari Hadiwijaya.
Keinginannya membentuk Kesultanan Mataram tercium oleh ayah angkatnya, dan disiapkan lah pasukan untuk menggagalkan rencana tersebut.
Saat itulah panembahan senopati memilih bersemedi di pantai selatan, sedangkan sang ayah meminta bantuan ke juru kunci Gunung Merapi pada masa itu.
Ketika Panembahan Senopati sedang bertapa, terjadilah letusan gunung merapi dan gelombang besar.
Letusan gunung merapi dan gelombang besar ini menghalangi pasukan Hadiwijaya untuk memburu panembahan senopati.
Saat itu kondisi keraton kidul di mana Nyi Roro Kidul tinggal pun terganggu.
Bahkan Nyi Roro Kidul sampai mencari siapa penyebab kekacauan tersebut.
Kemudian Panembahan Senopati dianggap sebagai pembuat kekacauan karena bersemedi di atas batu gilang.
Nyi Roro Kidul pun meminta panembahan senopati menghentikan semedinya.
Percintaan mereka pun terjalin, dan akhirnya panembahan senopati dibantu pasukan keraton kidul untuk mengalahkan kerajaan pajang.
Dari sanalah kemudian sejarah Kerajaan Mataram dimulai pada tahun 1587.
Ya, peristiwa alam yang terjadi dalam kisah itulah yang menjadi dasar LIPI untuk menelusuri jejak bencana di selatan jawa.