Marco Motta menjalani debut profesional di Serie pada 9 Januari 2005 di kompetisi Serie A.
Kala itu Marco Motta masih 19 tahun dan meski sukses dengan bermain 19 kali di semua ajang bersama Atalanta, dirinya meninggalkan klub tersebut di akhir musim 2004-05.
Tedegradasinya Atalanta ke Serie B membuat dirinya dipinang oleh Udinese.
Namun, Marco Motta harus bersaing dengan pemain senior Damiano Zenoni untuk pos bek kanan di Udinese.
Musim 2005-06 tak berjalan bagus dan barulah pada musim selanjutnya, Marco Motta mengalami perkembangan signifikan dengan mencatatkan 16 kali penampilan di Serie A.
Pada musim 2007-08, Marco Motta dipinjamkan ke Torino. (1)
Permainan Marco Motta semakin solid dalam masa peminjaman di Torino.
Meski sekembalinya ke Udinese pada musim 2008-09, Marco Motta beberapa kali mampu bermain apik ketika diturunkan, dirinya menghadapi persaingan ketat dengan Damian Ferronetti dan Dusan Basta di pos bek kanan.
Pada pertengahan musim 2008-09, Marco Motta direkrut oleh klub besar, AS Roma.
Marco Motta pun mampu menjadi bek kanan kepercayaan Luciano Spalletti, pelatih AS Roma kala itu.
Marco Motta bahkan menyingkirkan nama-nama senior seperti Cristian Panucci, Cicinho dan Marco Cassetti di separuh sisa musim 2008-09.
Sayangnya, awal musim 2009-10 AS Roma mengalami pergantian pelatih ke Claudio Ranieri membuat Marco Motta tersingkir dari tim utama dan hanya menjadi pemain cadangan di musim itu.
Marco Motta kemudian hijrah ke Juventus dan menemukan kembali performa terbaiknya sebagai bek kanan dibawah asuhan Luigi Del Neri di musim 2010-11.
Formasi 4-4-2 Juventus kala itu memang membutuhkan bek kanan ofensif seperti Marco Motta.
Sayangnya, sekali lagi pergantian pelatih ke Antonio Conte membuat Marco Motta kembali tersingkir dari tim utama hingga dipinjamkan ke Catania pada paruh kedua musim 2011-12.