Cara Masuk Virus Corona ke Sel Manusia Terjawab? Ini Fakta yang Ditemukan Para Ilmuan
Ahli kimia biofisik komputasi dari University of California San Diego, Rommie Amaro mengembangkan visualisasi terperinci dari protein spike SARS-CoV-2
lihat foto
Selain sebagai gerbang masuknya virus corona SARS-CoV-2 saat memasuki sel, molekul glukosa pada protein spike, yakni lapisan glycan, inilah yang membantu virus ini menipu sistem kekebalan tubuh manusia, karena mengandung residu glukosa.
Kendati demikian, sebenarnya, teknologi sebelumnya telah mencitrakan struktur molekul tersebut yang menggambarkan molekul glycans protein spike dalam posisi terbuka dan tertutup statis.
Awalnya, penemuan itu pun tidak banyak menarik minat para ilmuwan untuk mengamatinya secara mendalam.
Namun, simulasi superkomputer kemudian memungkinkan para peneliti untuk mengembangkan film dinamis yang mengungkapkan gerbang masuk infeksi virus SARS-CoV-2 yang aktif dari satu posisi ke posisi lain.
Pada akhirnya simulasi ini pun menunjukkan bagian kisah infeksi virus yang belum pernah terjadi sebelumnya.
"Kami sebenarnya bisa menyaksikan opening dan closingnya.
Itu salah satu hal yang sangat keren yang diberikan simulasi ini—kemampuan untuk melihat film yang sangat detail," kata Amaro dikutip dari Kompas.com.
Lillian Chong, ilmuwan lain dari University of Pittsburgh mengatakan bahwa teknik standar akan membutuhkan waktu bertahun-tahun untuk mensimulasikan proses pembukaan gerbang glycans virus SARS-CoV-2.
"Tetapi dengan alat simulasi canggih 'ansambel tertimbang' lab saya, kami dapat menangkap proses hanya dalam 45 hari," imbuh Chong.
Simulasi komputasi intensif pertama kali dijalankan di Comet di San Diego Supercomputer Center di UC San Diego dan kemudian di Longhorn di Texas Advanced Computing Center di UT Austin.
Kekuatan komputasi semacam itu telah memberi para peneliti pandangan tingkat atom dari domain pengikatan reseptor protein spike, atau RBD, dari lebih dari 300 perspektif.
Baca juga: Ternyata Bukan dari Laboraturium, Virus Corona Kerabat Dekat SARS-CoV-2 Benar Berasal dari Kelelawar
Baca juga: Temuan Baru Ilmuwan China, Terjadi Mutasi Langka Virus Corona SARS-CoV-2, Lebih Mematikan
Penyelidikan mengungkapkan glycan "N343" sebagai kunci pas yang mencongkel RBD dari posisi "turun" ke "atas" untuk memungkinkan akses ke reseptor ACE2 sel inang. Para peneliti menggambarkan aktivasi glikan N343 mirip dengan mekanisme crowbar molekuler.
Jason McLellan, profesor biosains molekuler di UT Austin dan timnya menciptakan varian protein spike dan mengujinya untuk melihat bagaimana gerbang glikan memengaruhi kemampuan RBD untuk terbuka.
"Kami menunjukkan bahwa tanpa gerbang ini, RBD protein spike (virus corona SARS-CoV-2) tidak dapat mengambil konformasi yang dibutuhkan untuk menginfeksi sel," kata McLellan.
.
.
.
(*/ TRIBUNBATAM.id)
